As instalações do ISPA estão distribuídas em três polos localizados em Lisboa (campus principal), um polo afeto á investigação na área das ciências da vida em Algés, concelho de Oeiras, no complexo do Instituto do Mar e da Atmosfera (IPMA) e um terceiro designado “Casa das Expressões” no concelho de Cascais.
O campus principal ocupa um quarteirão num dos Bairros históricos de Lisboa, na rua Jardim do Tabaco. Trata-se de um edifício também ele histórico e classificado com cerca de 8000m2 afetos a salas de aula, anfiteatros, áreas estudo e convívio, espaços laboratoriais de ensino e investigação, bibliotecas, restauração, e áreas administrativas.
Merecem especial destaque o Centro de Documentação e o Laboratório de Psicologia que são ambos uma referência nacional nas áreas das ciências do comportamento e da educação.
De assinalar a polivalência singular de muitos espaços nobres e zonas de circulação do campus que acolhem, com frequência, atividades performativas, exposições de artes plásticas e fotografia de jovens promessas ou artistas consagrados nacionais ou estrangeiros bem como artefactos e infografias relacionados com eventos temáticos ou científicos promovendo assim um contato muito próximo e natural da comunidade académica com a arte e a ciência nas suas múltiplas manifestações e interfaces.
Recentemente objeto de intervenção arqueológicas, o edifício do ISPA deu a conhecer uma outra dimensão histórica de uma Lisboa romana e medieval com especial destaque para os afloramentos monumentais da Cerca Fernandina e da respetiva porta da pólvora e que fora o catalisador para a instalação de uma futura exposição permanente, no âmbito da arqueologia industrial, com a colaboração da Câmara Municipal de Lisboa, relacionada com a evolução funcional da Lisboa ribeirinha oriental, local de artesãos, fabrica da pólvora e mas tarde do processamento da planta do tabaco proveniente das então colônias do império português.
Situado numa malha urbana profundamente requalificada nos últimos anos (eixo ribeirinho terreiro do Paço – Porto de Lisboa e novo terminal de cruzeiros de Lisboa) o campus do ISPA destaca-se também ela sua centralidade, não só geográfica mas também em soluções de mobilidade pois encontra-se num ponto de confluência modal de transportes (fluvial com ligação direta aos concelhos ribeirinhos da margem sul do Tejo), ferroviário (linha do norte e de Sintra – Santa Apolónia e Cais do Sodré – Linha de Cascais), metropolitano – linha azul – estação de Santa Apolónia, para além de várias carreiras da Carris.
O laboratório de investigação em biologia marinha e conservação está instalado no polo de Algés no âmbito da parceria IPMA/ISPA. Trata-se de um laboratório recente infraestruturado com “estado da arte” em equipamento e instrumentação, e que acolhe também um biotério marinho alimentado com água doce e salinizada.
O Polo ISPA em Cascais acolhe a “Casa das Expressões”. Originalmente construído como uma escola básica viria a ser totalmente remodelado e reconvertido num centro de competências para as ciências da educação e formação de professores em resultado da parceria do ISPA com a Câmara Municipal de Cascais.